Η περιοχή της Μύρτου ήταν κατοικημένη από τα προΐστορικά χρόνια. Σε δυο περιοχές του χωριού, στα Στεφάνια και στους Πηγάδες, έγιναν αρχαιολογικές ανασκαφές με αξιόλογα ευρήματα. Ο αρχαιολογικός χώρος Στεφάνια χρονολογείται στη Μέση Εποχή του χαλκού και ο αρχαιολογικός χώρος Πηγάδες στην Ύστερη Εποχή του χαλκού. Οι ανασκαφές έγιναν από αποστολές του Μουσείου Ashmolian της Οξφόρδης και του Πανεπιστημίου Sydney της Αυστραλίας. Τα πέτρινα κέρατα καθοσιώσεως που βρέθηκαν στο βωμό του αρχαιολογικού χώρου Πηγάδες, μαρτυρούν τις εμπορικές, θρησκευτικές και πολιτιστικές σχέσεις που είχε η Κύπρος με τη νησιωτική Ελλάδα και ιδιαίτερα με τη Μινωική Κρήτη.
